História Completa
Madara Uchiha nasceu dentro do clã Uchiha, cresceu em constante treinamento juntamente com o seu irmão mais novo, Izuna Uchiha onde ambos eram conhecidos como os prodígios do clã Uchiha. Despertaram o Sharingan ainda muito novos e com um árduo treinamento ambos conseguiram um poder que ninguém jamais vira, o Mangekyou Sharingan, e logo foram reconhecidos por todo clã como sendo os mais fortes de todo clã Uchiha, Izuna e Madara Uchiha chegaram ao topo do clã, onde Madara se tornou o líder do clã Uchiha.
Nos anos que se seguiram, o clã Uchiha se viu em varias batalhas com o igualmente e poderoso clã Senju, se uma nação contratasse os Uchihas a nação rival contratava os Senju, o clã dos Uchiha era o único clã capaz de lutar contra eles.
Mas devido ao uso excessivo do Mangekyou Sharingan, Madara viu a luz virar escuridão, Madara viu que esse novo poder tem um preço, ele tentou de tudo para voltar a luz, mas de nada adiantou, então em um ato de desespero Madara arrancou os olhos de seu irmão Izuna que segundo o próprio Madara seu irmão doou seus olhos para o bem do clã, para que Madara pudesse proteger o clã. A luz voltou para Madara e um novo poder se revela, Fuumetsu Mangekyou Sharingan. Com esse novo poder, Madara facilmente pode controlar cada clã shinobi que os Uchihas encontravam pelo seu caminho, ele foi aclamado como o shinobi mais poderoso do mundo.
Para por um fim aos sangrentos combates travado pelos clãs, o líder do clã Senju, Hashirama Senju propõe ao clã Uchiha uma oferta de paz. Embora Madara nunca quisesse a paz com o clã Senju, dizendo que seu irmão sacrificou seus olhos para o bem do clã, todas a lutas que travaram foram em vão, ele não podia aceitar isso, mas o resto do clã Uchiha queria acabar com as batalhas travadas entre os dois clãs e Madara como líder do clã não tinha outra escolha senão aceitar a decisão do resto de seu clã. Após a aliança entres os dois clãs à nova organização foi empregada pelo país do fogo para ajudar a estabilizar as fronteiras, e assim teve inicio o sistema de se ter uma vila oculta por país, assim se formou a Aldeia da Folha do País do Fogo, com a união dos Uchihas e Senjus.
Foi decidido que Hashirama seria o Primeiro Hokage, ele teve apoio de todo o País do Fogo. Madara temia que Hashirama traísse o clã além de diminuir o poder dos Uchihas na vila, ele como líder dos Uchihas sabia que o único modo de proteger o clã era confrontar Hashirama, mas os Uchihas não deram ouvidos a ele, disseram que Madara queria ascender as antigas chamas da guerra, ao invés de ajudá-lo, o clã virou as costas a ele, acreditando que a sua única motivação era a ganância. Madara abandonou a Aldeia da Folha por se sentir traído pelo seu próprio clã.
Mas Madara disse assumir um papel de vingador e desafiou a Vila Oculta da Folha sozinho, o ataque resultou em uma luta contra Hashirama. Controlando a Raposa de Nove Caudas, Madara luta contra Hashirama em uma luta épica, mas acaba sendo derrotado, o local onde aconteceu a luta ficou conhecido por "O Vale do Fim", onde há duas estatuas uma de Madara e outra de Hashirama. Todos acreditavam que ele havia morrido e Madara foi esquecido por todos na história.
Para que ninguém seguisse os passos de Madara, o irmão mais novo de Hashirama, Tobirama Senju em sinal de boa fé deu aos Uchihas a posição de polícia de Konoha, mas isso era apenas para vigia-los, para mante-los fora dos assuntos do governo, alguns Uchihas notaram o que estava acontecendo e pensaram em começar uma rebelião, mas já era muito tarde.
A "Herança" do Ódio
Madara em sua conversa com Naruto, conta a verdade sobre Itachi e que Sasuke vai trazer ódio a Aldeia da Folha, essa é a maldição de Sasuke, Tobi/Madara explica que, essa maldição de ódio começou a muito tempo com o Sábio Eremita dos Seis Caminhos o Rikudou Sennin ele estava tentando trazer paz ao mundo, mas seu tempo estava chegando ao fim, ele confiou a seus dois filhos os poderes e a vontade do caminho ninja pela paz, ao mais velho ele "nasceu" com os olhos do Rikudou Sennin e foi presenteado com um chakra poderoso e ernegia espiritual, ele acreditou que a força era a chave para a paz, e ao mais novo, "nasceu" com o corpo do Rikudou Sennin e lhe foi presenteado com força vital e energia física, ele acreditava que o amor era a chave para a paz. Em seu leito de morte o Sábio teve que escolher um sucessor e ele escolheu o filho mais novo, o mais velho não pode aceitar isso, acreditando que ele deveria ser o escolhido, e ele atacou seu irmão mais novo com ódio, o tempo passou, mas os descendentes desses dois irmãos continuaram a travar uma guerra de ódio, os descedentes do irmão mais velhos foram chamados de Uchihas e o do irmão mais novo de Senju. Tobi/Madara diz que é o destino de Sasuke e Naruto lutarem, pois ele vê dentro de Naruto o fogo do clã Senju a vontade de Hashirama dentro de Naruto.
Raposa de Nove Caudas ataca a Aldeia da Folha
Algum tempo depois o demônio da Raposa de Nove Caudas ataca a Aldeia da Folha. Embora Madara Uchiha negue qualquer envolvimento dos Uchihas neste ataque, que isto não passou de um desastre natural, Itachi Uchiha, Minato Namikaze e Jiraya dizem que a Raposa de Nove Caudas estava sob controle de um Uchiha, e ele é Madara, pois somente a técnica ocular do clã Uchiha o Sharingan é capaz de controlá-la. Após o ataque da Raposa de Nove Caudas os Uchihas se tornaram os suspeitos e suas terras foram movidas para um canto bem extremo da vila, e a discriminação começou, suas suspeitas se tornaram ódio e as suspeitas da Vila da Folha se tornaram fato, os Uchihas estavam se organizando para um Golpe de Estado, mas a Vila da Folha infiltrou um espião entre eles, seu nome era Itachi Uchiha. Itachi recebeu a missão do alto escalão da Aldeia da Folha, de assasinar seu clã, por estarem organizando um Golpe de Estado, pórem nesta mesma época, Madara estava tentando reascender as chamas da guerra, pois ele nutria um ódio pela vila e pelos Uchihas, mas Itachi pode sentir a presença de Madara, ele o encontrou e lhe deu um ultimato, em troca de ajudar a Madara de ter a sua vingança contra o clã Uchiha, Madara não poderia fazer nada contra a vila, e Madara ajudou Itachi com sua missão.
Mizukage
Madara Uchiha foi no passado um kage. Se tornou Mizukage, depois de ser esquecido pelo seu clã e por Konoha; no entanto não se sabe qual Mizukage foi. A partir disso, Madara criou em segredo a Akatsuki. Em uma conversa com Kisame Hoshigaki, Tobi retira a máscara e Kisame o chama de antigo Mizukage, e diz que está mais tranquilo com ele por trás da Akatsuki.
Akatsuki.
Para se manter na sombra da Akatsuki, Madara assume o disfarce de Tobi que dá ordens a Pein em segredo. Ele usa uma máscara laranja que revela somente seu olho direito. Quando treinou Itachi usava uma máscara ligeiramente diferente com o preto turbulência como padrões sobre ele seus cabelos hoje bem mais curtos. Usa atualmente um uniforme que consiste de um número de pinos e parafusos, que geralmente é ocultado por seu manto da Akatsuki.
Embora atuando como Tobi, é descontraído e fátuo, algo que incomoda a maioria dos outros membros. Deidara que considera todos dentro da Akatsuki sérios e calmos, fica muito incomodado com a sua personalidade infantil e muitas vezes o ataca quando se irrita. Aparentemente Madara está empenhado em manter sua identidade secreta como ele tem sido visto mantendo sua aparência, mesmo quando está somente com Kisame e Zetsu.
Plano Olho da Lua
Olho da Lua é o misterioso plano de Madara. Há muito tempo atrás um sacerdote chamado Eremita dos Seis Caminhos trouxe a paz ao mundo, selando uma criatura em si mesmo, através de uma técnica que ele criou, essa técnica fazia de um ser humano recipiente de um bijuu, essa criatura era conhecida como Juubi, ou seja, o Bijuu de 10 caudas. ele foi o Jinchuuriki na Juubi, o primeiro jinchuuriki. Mas o sacerdote sabia do perigo: se morresse a Juubi sairia do seu corpo e voltaria a assolar o mundo Shinobi. Sendo assim, ele dividiu a Juubi em 9 partes, ou seja, os 9 Bijuus conhecidos: Ichibi, Nibi, Sanbi, Yonbi, Gobi, Rokubi, Shichibi, Hachibi e Kyuubi. Depois ele se explodiu no céu, criando assim a Lua, onde estava o último pedaço da Juubi. Madara pretende pegar os 9 Bijuus e juntar com o último pedaço da Juubi, que está na Lua, e assim ser seu Jinchuuriki. Depois pretende fazer o Jutsu: "Tsukuyomi Infinito" a partir do qual a Lua se tornaria um olho com Sharingan gigante e todas pessoas iriam ficar sob o controle de Madara.
Força
Madara Uchiha possui o Fuumetsu Mangekyou Sharingan (só ele e Uchiha Sasuke o possuem), sua experiência de várias décadas como Shinobi, lhe permite uma analise mais detalhada sobre seu adversário para um ataque bem sucedido. No flashback da luta entre ele e Senju Hashirama, ele mostrou uma grande força e grande aptidão em utilizar jutsus, é capaz de invocar a Kyuubi no Youko, devido sua habilidades com fogo utilizava seu imenso Leque Uchiha para aplicar mais forte seus Jutsus Katon. Através de seu Sharingan, consegue ver através de qualquer jutsu para contra atacá-lo ou esquiva-lo, caso precise utiliza seu doujutsu maximo, o Fummetsu Magenkyou Sharingan que lhe da jutsus exclusivos como o Doujutsu • Ryokoo Basho Tenki, um hijutsu que pode fazer ele se mover ou se teleportar no espaço-tempo.